Ailesinin Partizan taraftarı olmasından dolayı karşılastıkları baskılar nedeniyle 1984'de Manisa ve ardından İzmir'e göçmüşlerdi. 25 Ağustos 1990'da gerillaya katılan Cüneyt Kahraman, gösterdiği azim ve kararlılıktan dolayı kısa sürede Parti Aday Üyeliği'ne kabul edildi. 1991 Ekim'in de ise Parti Üyeliği onaylandı. 1992'de alt kongre çalışmalarında gösterdiği performanstan dolayı, Kongre Delegeliğine seçildi.

Birlik öncesi, genel komutanlığın birinci yedek üyesi, bölge komutanlığının asıl üyesi olarak atandı. 1992 Haziranı'nda İsmail Bulut'un şehit düşmesiyle, genel komutanlığa asıl üye olarak atandı. 20 yaşında genel komutanlıkta görevliydi. Ayrıca 1 Nolu gerilla bölgesinde, siyasi komiser olarak görev aldı. 14 Haziran 1993'te 21 yaşında MK üyeliğine seçildi. Girdiği çatışmalarda iki kez ağır yara alan Cüneyt Kahraman, 1994 Mart'ında, başında bulunduğu gerilla birliğinin yol kesme, kimlik kontrolü eyleminde, düşmanla girdiği çatışmada ölümcül yara alması sonucu, tedavi için yurtdışına gönderildi. 1996 yılının ocak ayında tekrar mücadele alanına döndü. 24 Nisan 1996'da sonuçlanan Kongre Hazırlık Konferansıyla, Parti Genel Sekreterli'ğine seçildi.